Сибирский федеральный университет 
- Номер
- Журнал СФУ. Биология. 2014 7 (1)
- Авторы
- Фарков, М.А.
- Контактная информация
- Фарков, М.А.:Сибирский федеральный университет Россия, 660041, Красноярск, пр.Свободный, 79
- Ключевые слова
- GPGPU; CUDA; molecular docking; virtual screening; ligand-protein docking; GPGPU; CUDA; молекулярный докинг; виртуальный скрининг; лиганд-белковый докинг
- Аннотация
Подавляющее большинство задач, с которыми приходится сталкиваться биоинформатике, чрезвычайно сложны и времязатратны. Для их успешного решения требуется использовать современные высокопроизводительные вычислительные системы, для которых необходимо разрабатывать новые, специфичные алгоритмы. Среди таких систем отдельную нишу занимают гетерогенные вычислительные системы, в состав которых входят графические процессоры. Подобные системы позволяют существенно ускорить вычисления некоторых задач. В работе представлены алгоритмы, использующие возможности графических процессоров для ускорения молекулярно докинга, а именно для построения сеток силовых полей для ускорения молекулярного лиганд-белкового докинга. Предложенные алгоритмы ориентированы на быстрое вычисление большого количества сеток силовых полей и масштабируются на любое доступное компьютеру количество графических процессоров
- Страницы
- 4-13
- Статья в архиве электронных ресурсов СФУ
- https://elib.sfu-kras.ru/handle/2311/13339
Эта работа лицензируется по лицензии Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License (CC BY-NC 4.0).