Журнал СФУ. Биология / Компьютерная обработка и анализ сканированных проб зоопланктона: методические рекомендации

Полный текст (.pdf)
Дополнительные материалы
Приложение 1 (.pdf, 220 кб)
Номер
Журнал СФУ. Биология. 2022 15 (1)
Авторы
Ёлгина, О. Е.; Толомеев, А. П.; Дубовская, О. П.
Контактная информация
Ёлгина, О. Е.: Институт биофизики ФИЦ КНЦ СО РАН Российская Федерация, Красноярск; Толомеев, А. П.: Институт биофизики ФИЦ КНЦ СО РАН Российская Федерация, Красноярск; Сибирский федеральный университет Российская Федерация, Красноярск; Дубовская, О. П.: Институт биофизики ФИЦ КНЦ СО РАН Российская Федерация, Красноярск; Сибирский федеральный университет Российская Федерация, Красноярск
Ключевые слова
зоопланктон; визуализация (биоимидж-анализ); сканирование; микроскопирование; размерная структура; таксономическая структура; zooplankton; bioimage analysis; zooscan; microscopy; size structure; taxonomic structure
Аннотация

Разработаны методические рекомендации для компьютерного анализа получаемых в результате сканирования проб зоопланктона изображений с помощью программного обеспечения ImageJ/Fiji и ilastik. Приведены инструкции для постобработки первичного отсканированного материала, процедур сегментирования и создания коллекций изображений зоопланктеров с целью последующего распознавания в модуле Object Classifiction / ilastik. Предлагаемая методика оптимизирует работу с большими файлами изображений в высоком разрешении благодаря созданию коллекций и упрощает задачу построения классификатора. Методика оказалась эффективной для решения задачи изучения пространственного распределения размерной структуры популяции копепод Arctodiaptomus salinus в оз. Шира. Кроме того, методика тестировалась на пробах естественного зоопланктона озер Северо-Минусинской котловины (Республика Хакасия), имеющих разные видовой состав и численность планктонных организмов. Возможности видовой идентификации зоопланктеров по сканированным пробам были ограничены, однако в сочетании с традиционной микроскопией метод биоимидж-анализа (БИА) также позволяет выполнять исследования таксономической структуры зоопланктона. На основе результатов тестирования приводится обсуждение преимуществ, ограничений и перспектив развития методов БИА для обработки проб зоопланктона

Страницы
5–30
DOI
10.17516/1997-1389-0360
Статья в архиве электронных ресурсов СФУ
https://elib.sfu-kras.ru/handle/2311/145083

Лицензия Creative Commons Эта работа лицензируется по лицензии Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License (CC BY-NC 4.0).