Журнал СФУ. Биология / Виртуальная in silico ПЦР в двумерном формате как инструмент для выяснения филогенетического родства у аллополиплоидных форм на примере пшениц и их диких сородичей эгилопсов

Полный текст (.pdf)
Номер
Журнал СФУ. Биология. 2024 17 (1)
Авторы
Кирьянова, О. Ю.; Кулуев, А. Р.; Губайдуллин, И. М.; Кулуев, Б. Р.; Чемерис, А. В.
Контактная информация
Кирьянова, О. Ю. : Уфимский государственный нефтяной технический университет, Российская Федерация, Уфа; Кулуев, А. Р. : Институт биохимии и генетики – обособленное структурное подразделение ФГБНУ Уфимского федерального исследовательского центра РАН, Российская Федерация, Уфа; Губайдуллин, И. М. : Уфимский государственный нефтяной технический университет, Институт нефтехимии и катализа – обособленное структурное подразделение ФГБНУ Уфимского федерального исследовательского центра РАН Российская Федерация, Уфа; Кулуев, Б. Р. : Институт биохимии и генетики – обособленное структурное подразделение ФГБНУ Уфимского федерального исследовательского центра РАН, Российская Федерация, Уфа; Чемерис, А. В.: Институт биохимии и генетики – обособленное структурное подразделение ФГБНУ Уфимского федерального исследовательского центра РАН, Российская Федерация, Уфа
Ключевые слова
Triticum aestivum; Aegilops tauschii; Triticum urartu; Aegilops speltoides; in silico RAPD-анализ; компьютерное моделирование ПЦР; геномное штрихкодирование; Triticum aestivum; Aegilops tauschii; Triticum urartu; Aegilops spletoides; in silico RAPD analysis; computer simulation of PCR; genomic barcoding
Аннотация

Определение природных доноров трех субгеномов BAD мягкой пшеницы (Triticum aestivum L.) имеет большое значение в целях разработки технологий по дальнейшему усовершенствованию данной культуры. До сегодняшнего дня остаются открытыми некоторые вопросы происхождения субгеномов B и A мягкой пшеницы, тогда как донором субгенома D считается Aegilops tauschii подвид strangulata. Для установления видов- доноров субгеномов полиплоидных форм активно применяется сравнение нуклеотидных последовательностей различных генов, а также фрагментов повторяющейся ДНК, что позволяет строить филогенетические древа. Однако в этом случае в анализ берется лишь одна или несколько генетических систем или локусов. Предложенное нами геномное штрихкодирование, не привязанное к какой-либо генетической системе, имеет преимущество, поскольку in silico RAPD-анализ «находит» одинаковые по размеру участки сразу всего генома, делая как бы его полный «срез». Для оценки филогенетического родства разных видов пшеницы использовали метод виртуального мультиплексного RAPD-анализа с 20 ундекамерными праймерами, что позволило создать геномные штрихкоды этих видов, сопровождаемые двумерными картами, составленными для отдельных хромосом анализируемой пшеницы. Предложенный метод компьютерного анализа геномов показал, что T. aestivum субгеном D и Ae. tauschii весьма схожи между собой, что подтверждает их общее происхождение. В случае с донорами субгеномов А и В такие однозначные выводы сделать не удалось, что, возможно, связано с более древним объединением этих субгеномов в тетраплоидной пшенице и накоплением за это время большего количества мутаций

Страницы
45–63
EDN
OIPJJV
Статья в архиве электронных ресурсов СФУ
https://elib.sfu-kras.ru/handle/2311/152808

Лицензия Creative Commons Эта работа лицензируется по лицензии Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License (CC BY-NC 4.0).