Журнал СФУ. Биология / Моделирование белковых структур с помощью структурных деревьев

Полный текст (.pdf)
Номер
Журнал СФУ. Биология. 2008 1 (3)
Авторы
Ефимов, Александр В.
Контактная информация
Ефимов, Александр В. : Институт белка Российской академии наук, Пущино, Московская область, 142290 Россия
Ключевые слова
сворачивание белков; сравнение белковых структур; стереохимический анализ; структурные мотивы; protein folding; protein structure comparison; stereochemical analysis; structural motifs; structural similarity
Аннотация

В работе представлены результаты исследований пространственной структуры белков, полученные путем построения и анализа структурных деревьев белков. При построении структурных деревьев в качестве стартовой или корневой структуры древа берется соответствующий структурный мотив, который встречается во всех белках данного семейства. Структуры более высокого порядка получаются путем последовательного пристраивания других структурных элементов к растущей структуре в соответствии с набором простых правил, выведенных из известных принципов структурной организации белков. При этом моделируются все разрешенные пути роста корневой и промежуточных структур, которые приводят в конечном счете к известным или пока неизвестным белковым структурам. Построенные таким образом структурные деревья являются удобным и перспективным инструментом для решения целого ряда задач. Среди них – поиск всех разрешенных пространственных структур, как известных, так и пока неизвестных; моделирование возможных путей сворачивания белков; изучение сходства и различия пространственных структур белковых молекул; разработка структурной классификации белков; изучение взаимосвязи между структурой и функцией белков.

Страницы
226-247
Статья в архиве электронных ресурсов СФУ
https://elib.sfu-kras.ru/handle/2311/937

Лицензия Creative Commons Эта работа лицензируется по лицензии Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License (CC BY-NC 4.0).